À Shinjuku, les crimes font partie du quotidien. Cependant, il existe un nom dont la simple évocation suffit à faire trembler les plus grands malfaiteurs ; City Hunter. Derrière cette appellation se cachent Ryo Saeba, le nettoyeur, et Hideyuki Makimura, le flic. Cette redoutable équipe prend un malin plaisir à interférer avec les affaires d'individus peu recommandables, ce qui éveille aussi bien des rancoeurs que des inquiétudes chez leurs opposants. Parmi eux, l'Union Teope, une organisation criminelle, est bien décidée à régler le problème City Hunter une bonne fois pour toutes...