An X de l'ère Reiwa. Un terrible tsunami, provoqué par une avalanche sous-marine, ravage la côte Pacifique. Toutefois, ce n'est qu'un avant-goût des calamités à venir.. Un an s'est écoulé depuis l'attaque du Fugaku. Désormais, la Kaijû Defense Force est officiellement en activité. Or, voilà qu'une nouvelle créature surnaturelle fait son apparition à Tokyo. Tout porte à croire qu'il s'agit du premier spécimen identifié, nommé « Orochi », à son stade juvénile. Mais cette fois, le kaijû semble profiter des ténèbres pour se glisser dans une zone habitée....
